Developer Forumsの記事を参考にしながら、以下のコマンドを実行したら治りました。

sudo xcode-select -r

余談ですが、Big Sirで久しぶりに起動時のジャーンという効果音が復活しているようです。 System Preferences -> Sound から「Play sound on startup」のチェックを外すことで無効化できるようです。懐かしいからまあ良いか…。